Mi banco me ha cobrado una comisión mayor que la estipulada en el contrato. ¿Es esto correcto?

No, supondría un incumplimiento contractual o bien una actuación contraria a las buenas prácticas bancarias. Aunque es posible que esa comisión haya variado desde el momento en el que contrataste a la fecha que se te ha cobrado; en ese caso habría que ver si el procedimiento de modificación se ha realizado adecuadamente y la cantidad que se te ha cobrado es la que está publicada en el libro con las tarifas de la entidad e informada al Banco de España.